Muito antes dos gregos antigos em Filipos, havia um assentamento neolítico que foi descoberto nas últimas décadas, próximo a nascentes de água, em Dikili-Tas (Orthopetra), a 2 km a leste da cidade antiga.
Este assentamento do milênio pré-histórico escuro pode ser considerado como um ancestral distante da cidade dos tempos históricos. A vida começou no neolítico tardio (por volta de 5500 a.C.) e continuou sem interrupção até o início da Idade do Ferro (1000-700 aC). Os achados desse período remontam ao início do período helênico (2850-2250 a.C.), enquanto as descobertas mais recentes, remontam ao assentamento entre 1700 e 1500 a.C.. Partes de grandes vasos, armas, frontões, ferramentas agrícolas e figuras de barro de humanos e animais foram encontrados.
Durante os tempos históricos em toda a área de Pangeo viviam tribos trácias, distinguidas pela sua arte marcial e habilidade. Os gregos vêm depois. Há uma primeira tentativa dos atenienses em conquistar esta área fértil em 465 a.C., onde uma batalha ocorreu entre os atenienses e as populações trácias. Os atenienses perderam a batalha, deixando 10.000 soldados mortos no campo de guerra. Mais tarde, entre 360-359 a.C., colonos gregos de Thassos, liderados pelo exilado orador ateniense e político Kallistratos, chegaram e se estabeleceram na área de Filipos, construindo a primeira pequena cidade. Esta cidade, antes de tomar o nome do rei macedônio Filipe II, é às vezes conhecida como Krinides e às vezes chamada Daton.
O nome Krinides é devido à abundante água que flui por toda a área. O nome Daton é um eco da famosa euforia desta região. Não foi, no entanto, apenas a terra fértil que atraiu os atenienses e os tassianos. Esta terra escondeu uma minha de ouro, atrás da sua Acrópole. Com posse e exploração pelos tassianos, novas moedas, ouro e bronze foram liberados, que tinham como imagem principal a cabeça de Hércules e um tripé ou, outras vezes, um arco com um bastão, na parte de atrás. Estas moedas tinham a inscrição THASSION EPIRUS.
Esta colônia foi de grande importância. Foi apoiado pelos historiadores que a 11ª epístola de Platão aos Laodamas de Thassia se refere à legislação e organização das Krinides. Nos anos do reinado de Filipe II, as atividades dos reis da Trácia foram uma fonte permanente de preocupação e criaram problemas na fronteira norte do estado macedônio. Filipe foi repetidamente obrigado pelas circunstâncias a se engajar nos assuntos da Trácia.
Quando Filipe capturou Anfípolis (357 a.C.) no curso inferior do rio de Strymonas, um rei de uma tribo trácia, Ketriporis, começou a atacar cidades gregas na planície de Daton. Um deles, Krinides, buscou proteção de Filipe, que respondeu imediatamente, pondo fim aos ataques trácios, anexando a região e restabelecendo Krinides como Filipos.
Filipe II previu a importância estratégica e econômica das Krinides. Depois de capturá-la, ele aumentou sua população com colonos macedônios e deu-lhe o seu nome. Assim, a cidade macedônia de Filipos foi criada. Um grande e poderoso muro rodeava a cidade e um teatro, um dos melhores da Grécia Antiga, o enfeitava.
A cidade de Filipos emergiu como a principal colônia real e sua anexação foi um passo firme em direção à expansão da Macedônia de Strymonas ao rio Nestos. Ao mesmo tempo, Filipe começou a explorar as minas de ouro que tinham o nome “asyla”, talvez porque (como o arqueólogo francês Heuzey supôs), os criminosos ou escravos fugitivos que foram para lá, encontraram asilo (asylia, em grego), trabalhando em Minas de ouro. Heródoto nomeia as minas de ouro como “Syleos Pedion” e “Skapti Yli” – e atribui às minas de ouro o lucro de mais de 1000 “talanta” por ano. Em Filipos foi instalada a casa da moeda real, onde a famosa moeda “Philippeon” foi cunhada.
Teofrasto, que conhecia a região de Filipos, informou-nos que no século IV a.C., com o estabelecimento dos colonos macedônios, estava sendo realizado um enorme trabalho de recursos. Uma grande parte da planície, que até então estava coberta de águas e pântanos, foi drenada. O trabalho dessecante que foi alcançado resultou na melhoria do clima da região.
Em 304 a.C., a cidade de Filipos também elevou um campeão olímpico. Lambrou Philippissious foi o vencedor do “téthrippon” (a carruagem de quatro cavalos).
Infelizmente, a informação disponível sobre a história e a cultura dessa cidade macedônia ainda é muito limitada. As poucas inscrições encontradas nas escavações que remontam ao período helenístico nos informaram da intervenção pessoal de Alexandre na questão da drenagem dos Tenagoi, da venda periódica do posto do sacerdócio, de uma resolução em homenagem a um cidadão que emprestou dinheiro a cidade com pouco ou nenhum interesse. De uma resolução de Filipos, em meados do século 3 a.C., encontrada em Kos, aprendemos sobre a recepção dos teólogos da ilha, que vieram a Filipos para declarar um cessar-fogo e conhecer a celebração de Asclépio. O parlamento local deu aos emissários vários preços e aprovou um acompanhamento militar para sua escolta em Neapolis (Kavala).
Durante a dominação macedônia, Filipos foi uma das principais cidades do Reino da Macedônia, com prosperidade econômica e privilégios. No entanto, a população e a importância da cidade com o fluxo do tempo são grandemente reduzidas, até o tempo da conquista romana (168 a.C.).